Mọi thứ đều có 2 mặt, ngoài những công dụng đặc biệt tốt cho sức khỏe nhưng có những lúc không thể dùng có thể do tuổi tác, do thể trạng của riêng từng người

- Không dùng cây bạc hà để chữa bệnh cho các trường hợp: táo bón, cao huyết áp, thai phụ, suy nhược cơ thể, bị sốt không rõ nguyên nhân, trào ngược dạ dày thực quản, tiền sử dị ứng.

- Không dùng tinh dầu bạc hà trên vết thương hở và tránh để tinh dầu tiếp xúc với mắt.

- Menthol hoặc tinh dầu bạc hà nếu tiếp xúc với mũi hoặc cổ họng có thể gây ngưng tim cho trẻ nhỏ nên không được dùng cho trẻ sơ sinh và trẻ dưới 1 tuổi.

Sử dụng cây bạc hà chữa bệnh về cơ bản là an toàn. Một số trường hợp có thể gặp các tác dụng phụ như: buồn nôn, nôn, ợ chua, khô miệng,... 

Nhìn chung cây bạc hà có nhiều thành phần tốt cho sức khỏe và là dược liệu lành tính để chữa bệnh, nhưng việc chữa bệnh bằng cây bạc hà vẫn cần có sự hướng dẫn từ bác sĩ có chuyên môn để đạt hiệu quả và tránh gặp tác dụng phụ.